Su fallecimiento acaeció el lunes 21 de Enero de 2008 en horas de la mañana en su hogar acompañado de familiares y amistades más cercanas.A partir de las 3:00 pm. su féretro fue trasladado a su alma máter la UNI llegando en primer lugar: al Centro de Investigaciones Sísmicas y Mitigación de Desastres (CISMID), del cual fue su principal gestor y fundador en 1987. 
Luego fue trasladado a la Facultad de Ingeniería Civil, donde recibió el homenaje del Decano Dr. Jorge Alva junto a colegas, alumnos y trabajadores quienes recordaron las tres etapas que transcurrió el Ing. Roberto Morales en la FIC: ingresó como alumno en 1960, y luego de culminar sus estudios se dedicó a la docencia llegando a ser Decano de la FIC-UNI en 1986 - 1987 y posteriormente 1994 -1996 y 1997 -1999.
Sus colegas y alumnos trasladaron su ataúd hacia su despacho como decano, y al aula donde dictaba sus clases todos los jueves a partir de la siete de la mañana desde que asumió el rectorado.
Tras recorrer la Facultad de Ingeniería Civil miembros de la comunidad universitaria se fueron aunando a su cortejo fúnebre hasta llegar al Rectorado, donde se realizó una misa presidida por el P. Carlos Saavedra Provincial de la Orden Mercedaria del Perú y concelebrada por el capellán de la UNI, P. Juan Luis Lazarte y demás padres mercedarios.Durante la misa el P. Luis Valencia recordó muy conmovido la etapa escolar del Ing, Roberto junto a su hermano mellizo Oswaldo en el Colegio Nuestra Señora de la Merced de Huacho, puesto que en esos años el P. Valencia fue su director. Asímismo, rememoró la labor emprendida en pro de los colegios mercedarios de todo el país: Robertó brindó su apoyo, y su profunda identificación con los valores mercedarios inculcados por los padres mercedarios y su cariño a la Virgen de la Merced lo que hacía de Roberto Morales un ilustre ex alumno mercedario.
A la misa asistieron las autoridades de la universidad: vicerrectores, decanos, colegas, alumnos, ex alumnos, familiares y amistades que fueron llegando para despedirse del colega, profesor y gran amigo, también estuvo presente el Ing. Alberto Benavides de la Quintana presidente del Patronato de la UNI.Durante su vida el Ing. Roberto Morales alcanzó muchos logros y anhelos, sin embargo siempre mantuvo una humildad, así lo indicó su hermano:
“Mi familia se siente muy agradecida y conmovida por estas muestras de solidaridad por 
la partida de mi hermano Roberto, él dedicó 45 años de su vida a su universidad y en todo este tiempo nunca hizo distinciones entre pobres y ricos para él todos eran iguales y por eso hoy recibe el saludo de todos los que así lo conocieron”, manifestó el Ing. Oswaldo Morales en la sala de Sesiones del Consejo Universitario al brindar sus palabras de agradecimiento a la comunidad universitaria.
la partida de mi hermano Roberto, él dedicó 45 años de su vida a su universidad y en todo este tiempo nunca hizo distinciones entre pobres y ricos para él todos eran iguales y por eso hoy recibe el saludo de todos los que así lo conocieron”, manifestó el Ing. Oswaldo Morales en la sala de Sesiones del Consejo Universitario al brindar sus palabras de agradecimiento a la comunidad universitaria.Al Ing. Roberto siempre lo caracterizó dos gestos cuando alguien se le aproximaba: su sonrisa sincera y su mano tendida a todos cuanto conoció 
y recibió como autoridad.
y recibió como autoridad.Tras culminar el primer dia de su velatorio en la UNI, fue trasladado al dia siguente martes 22 al Colegio de Ingenieros donde recibió un homenaje póstumo, el decano del CIP le impuso la medalla de la Ingeniería Peruana entregándosela su hermano Oswaldo.
De ahí sus restos fueron llevados a la Iglesia Nuestra Señora de la Reconciliación de La Molina hasta donde siguió llegando gente que lo conoció y mostraban su consternación a toda la familia y comunidad universitaria. Asimismo llegaron las condolencias del Presidente de la República, quien por encontrarse fuera del país envió a su edecán, tambien hicieron lo mismo los demás poderes del Estado, Ministerios e Instituciones Públicas y Privadas.
Finalmente el día miércoles 23 a las 10 de la mañana se realizó una segunda misa de cuerpo presente a cargo del monseñor Lorenzo León Alvarado ex obispo de Huacho, y fue acompañado por las Padres Mercedarios que habían llegado de Puno, Arequipa, Cuzco, siendo de ahí llevado al cementerio Jardines de La Paz y enterrado en el Pabellón de Los Olivos.
De ahí sus restos fueron llevados a la Iglesia Nuestra Señora de la Reconciliación de La Molina hasta donde siguió llegando gente que lo conoció y mostraban su consternación a toda la familia y comunidad universitaria. Asimismo llegaron las condolencias del Presidente de la República, quien por encontrarse fuera del país envió a su edecán, tambien hicieron lo mismo los demás poderes del Estado, Ministerios e Instituciones Públicas y Privadas.
Finalmente el día miércoles 23 a las 10 de la mañana se realizó una segunda misa de cuerpo presente a cargo del monseñor Lorenzo León Alvarado ex obispo de Huacho, y fue acompañado por las Padres Mercedarios que habían llegado de Puno, Arequipa, Cuzco, siendo de ahí llevado al cementerio Jardines de La Paz y enterrado en el Pabellón de Los Olivos.
El gran amigo Ing. Roberto Morales ha transcendido a la historia de la Ingeniería Peruana por toda su contribución académica y profesional. Nunca te olvidaremos.
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